Protestanstska reformacija koja se javila u 16. stoljeću, ubrzo se počela širiti u hrvatske zemlje. U drugoj polovici 16. stoljeća više je protestantskih zajednica na prostoru uz rijeke Dravu i Muru započelo svoje djelovanje. Protestantizam je tijekom druge polovice 16. stoljeću plodno tlo našao među vojnim posadama u Vojnoj krajini, a jedno od prvih uporišta na prostorima Slavonske krajine je bilo u Koprivnici. Prema Franji Bučaru protestanti u Koprivnici «su bili većinom Nijemci i Štajerci, obično oficiri, vojnici i nekoliko doseljenih njemačkih obrtnika. Zato se i propovijedalo posvuda njemački.» Osim iz unutarnjoaustrijskih zemalja protestantski su se utjecaji u Koprivnicu širili i iz ugarskog prostora. Odnos Koprivničanaca prema protestantima je bio veliki test za pitanje vjerske tolerancije.
Zanimljivo je spomenuti da su među protestantskim pastorima i propovjednicima koji su djelovali u zapadnoj Ugarskoj (od 1596. do 1673.), mnogi bili iz sjeverne Hrvatske. Vrlo malo znamo o početnim organizacijskim oblicima protestantizma, ali iz škrtih se podataka može zaključiti da su 1608. Međimurje i dio Podravine pripadali pod drugi seniorat zaladske županije, a pod četvrtu superintendanturu. To jasno pokazuje da je već početkom 17. stoljeća došlo do pojave razvijenijih organizacijskih oblika, ali ostaje za istražiti gdje je bilo hijerarhijsko mjesto Koprivnice kao kratkotrajnog, ali i svojevremeno jačeg protestantskog uporišta između Save i Drave.
Josip Adamček i Stanko Jambrek se slažu da su protestantizam u prvom redu prihvaćali krajiški časnici i vojnici. Analiza sačuvanih podataka, po njima, ukazuje da je svoje pristaše imao i među domaćim stanovništvom koji je služilo u vojsci ili stanovalo u krajiškim gradovima. Vlasti su dozvolile postavljanje dvaju protestantskih propovjednika – po jednog za Hrvatsku i Slavonsku krajinu jer je dio vojnika bio protestantske vjere. Kako je krajem 16. stoljeća Koprivnica bila glavno središte zapovjedništva Slavonske krajine, bilo je logično da protestantski propovjednik bude u njoj.
Prve podatke o pojavi protestantizma u Koprivnici imamo od početka posljednje četvrtine 16. stoljeća kada su protestantski propovjednici trebali biti postavljeni u središta Hrvatske i Slavonske krajine, tj. u Karlovac i Koprivnicu. Grof Ivan Trautmannsdorf je 16. svibnja 1579. godine zatražio jednog protestantskog svećenika za propovjednika. Godine 1580. je bilo na slavonskoj granici odobrena financijska potpora za propovjednika u Koprivnici.
Izgleda da koprivnička katolička župa tijekom druge polovice 16. stoljeća nije stalno bila popunjena svećenicima. Npr. 1574. koprivnički župnik je sudjelovao na zagrebačkom diocezanskom sinodu, a najvjerojatnije je netko od katoličkih župnika u Koprivnici djelovao i sredinom 90-tih godina 16. stoljeća. Nakon toga je devet godina, tj. do 1603. ili 1604. godine koprivnička župa bila bez svećenika, što je ostavljalo slobodan prostor za djelovanje protestantskih propovjednika.
Tek 28. studenoga 1581. godine je za protestantskog «predikanta» u Koprivnici postavljen Ivan Šejbić. Čini se da je u gradu djelovao do 1604. godine. Iako je luteranska nazočnost potvrđena u više izvora, moguće je pretpostaviti pojavu kalvinističkog učenja u Koprivnici, najvjerojatnije upravo u 17. stoljeću.
Kralj Rudolf je u Pragu 16. siječnja 1608. potvrdio deset zaključaka Hrvatsko-slavonskog sabora od 5. srpnja 1604. među kojima je bio i onaj kojim je praktički bilo određeno da je katolička vjera postala jedina dozvoljena u Hrvatsko-slavonskom kraljevstvu. To je na zasjedanju 25. veljače 1608. proglasio Hrvatsko-slavonski sabor i ta se odredba mogla primjenjivati u praksi. Na susjednom unutarnjoaustrijskom prostoru protestantska reformacija je u gradovima i trgovištima bila zabranjena već 1580., dok je plemstvo imalo pravo na vjersku slobodu do 1628. godine.
Uz Koprivnicu je i Varaždin bio važno središte protestantizma. Jedna od važnih uloga varaždinskih isusovaca je bilo suzbijanje protestantizma u Varaždinu, Podravini i Međimurju, no u budućnosti bi trebalo ispitati i kakva je bila njihova uloga u odnosu prema pravoslavnima na prostoru Slavonske krajine (Varaždinskog generalata) i Križevačke županije. Ne treba zaboraviti da je Franjo Brdarić upozorio na podatak da su koprivnički župnici 1650. pozvali isusovce iz Varaždina da im «pomognu obraćati Bogu, ovu uslijed rata podivljalu čeljad u tvrđavi» što donekle ilustrira prilike na ovom prostoru.