Najintenzivnija pustošenja ovog dijela Podravine izvršena su 50-tih godina 16. stoljeća. Na puste koprivničko-đurđevačke posjede doseljavali su se i u drugoj polovici 16. stoljeća novi stanovnici.
Hrvatski je sabor tada tvrdio da koprivnički kapetani raspolažu s mnogo kmetova, iako je Stjepan Patačić u svom izvješću Ugarskoj komori 22. travnja 1614. godine smatrao da je Koprivnica više vojna tvrđava nego grad. Građani su u njoj držali samo dvadesetak kuća. Koprivnički građani su još k tome bili tijekom 16. stoljeća opterećeni plaćanjem desetine u godišnjem iznosu od 40 forinti.
Iz nekih naselja Koprivničko-đurđevačkog vlastelinstva, kao primjerice Pavlovca (vjerojatno današnji Ferdinandovac), kmetovi su 40-tih godina 16. stoljeća raseljeni po raznim krajevima Ugarske kao i Moravske. Postoje brojni podaci da su seljaci iz okolice Koprivnice naseljeni u južnom Gradišću, na sjeveru Gradišća na području Šopronske i Bratislavske županije te u istočnoj Štajerskoj, a najvjerojatnije i u Slovačkoj. U literaturi se ne navodi o okolici koje Koprivnice je riječ, premda postoji mišljenje da se radi o Koprivnici kod Požege
Prije 1552. godine su u Koprivnici, između ostalih, bili naseljeni podložnici iz Štajerske kao dio vojne posade. Oni su u jesen 1552. godine pobjegli natrag u Štajersku. U Koprivnici su 1554. godine bila popisana 192 vojnika (82 konjanika i 104 pješaka). Iz izvještaja Ferdinandove komisije koja je 1563. godine pregledavala granične utvrde predloženo je da Koprivnici treba posada od 300 vojnika. Godine 1577. u koprivničkoj utvrdi je bilo 530 vojnika. Broj vojnika u Koprivnici je 1580. godine iznosio 441.
