Muzeji u svojoj temeljnoj muzejskoj djelatnosti obuhvaćaju, pored prikupljanja i čuvanja, i zaštitu kulturne baštine. Tijekom gotovo dvije godine (lipanj 2010. – veljača 2012.) Hrvatski restauratorski zavod (Odjel za restauriranje podvodnih arheoloških nalaza, Zadar) proveo je konzervatorsko-restauratorske radove na ukupno 60 arheoloških predmeta iz Muzeja grada Koprivnice: 20 keramičkih posuda, 37 metalnih predmeta i 3 staklene posude. Predmeti su prikupljeni prilikom arheoloških istraživanja Muzeja 2009. i 2010. godine (Virje – Sv. Martin, Virje – Volarski breg, Koprivnica – Stari magistrat, Koprivnica – Franjevački samostan), a radovi su financirani sredstvima Ministarstva kulture RH, Koprivničko-križevačke županije, Grada Koprivnice i Muzeja grada Koprivnice.
Prema pravilima arheološke struke po istraživanju pojedinog lokaliteta nužno je pristupiti konzervatorsko-restauratorskim radovima na pokretnoj arheološkoj baštini. Upravo stoga, do sada su dovršeni radovi na istraživanjima koje je Muzej proveo 2009. i 2010.g., a u postupku su konzervatorski radovi na 26 metalnih predmeta pronađenih na lokalitetu Virje – Sv. Martin 2011.g. No, usporedno s trenutnim istraživanjima i planiranim izložbama Muzej pristupa i konzervatorsko-restauratorskim radovima na drugim predmetima kojima prijeti propadanje. Tako je do sada Hrvatski restauratorski zavod proveo radove na 3 takva predmeta, a Josip Fluksi tijekom 2010.g. na njih ukupno 9. Radi se o predmetima iz starijih arheoloških istraživanja na lokalitetima Kunovec Breg 1979.-1980., Novačka – Gradina, 1971.-1978. ili Delovi – Grede I 1982., koji zaslužuju podjednako vrednovanje kao i oni s novijih istraživanja.
Dio konzerviranih predmeta koprivnička kulturna javnost već je upoznala putem izložbe „Zaštitna arheologija višeslojnih nalazišta Virje – Volarski breg (2008., 2010.) i Delovi – Grede I (1982.)“ u Muzeju tijekom proljeća 2011.g., dio predmeta moći će se vidjeti na izložbi „Arheologija na prostoru koprivničke tvrđave“ u vrijeme Renesansnog festivala 2012., a dio predmeta na izložbi „Virje – Sv. Martin“ tijekom 2013.g.