Iako ne postoje podaci gdje su se franjevci sklonili nakon odlaska iz Koprivnice, moguće je da su oni iz koprivničkog franjevačkog samostana uzeli kasnogotičku drvenu Madonu. Taj se kip danas nalazi u franjevačkoj crkvi u Osijeku gdje je početkom 18. stoljeća stigla iz samostana u Siklosu u Ugarskoj kamo je dospjela iz Koprivnice.
Drvena Madona je danas poznata pod imenom Marija Jud. Ljubo Karaman datira tu kasnogotičku skulpturu u prvu polovinu 15. stoljeća. Na priču o odlasku statue Majke Božje iz Koprivnice upozorio je Paškal Cvekan. Ovaj je kip «starješina samostana u Siklosu o. Elzear Pavić u crkvicu u Judu na brzu ruku uresio sličicama. Time nije bio zadovoljan. Kako se pobožnost širila i sve više ljudi dolazilo otide u Hrvatsku da potraži zgodan kip za Jud. Nađe ga u koprivničkom samostanu. Tamo se obnovio trošan oltar i novi kip postavio, dok su stari kip (vetus statua) uklonili i spremili na crkveni tavan. Kada je dakle
spomenuti predstojnik onamo došao i zamolio gvardijana kip, kratko mu je rekao neka ode na tavan crkve i potraži, možda će naći kip Majke Božje, koji je tamo ne tako davno spremljen.» Tamo je spazio kip «koji je odsijevao sunčevim sjajem. Uze ga u ruke… zamota u plahte, odnese u Jud i postavi na oltar.» Ovaj je kip za Rakoczyjeve bune 1703. bio prenesen iz Juda u Siklos, a nakon toga u Osijek gdje se nalazi i danas.
Rudolf Horvat smatra da su franjevci napustili Koprivnicu prigodom osmanskog zauzimanja Virovitice i Gorbonoka 1552. godine. Paškal Cvekan smatra da su franjevci Koprivnicu napustili vjerojatno između 1552. i 1561. jer «samostanski izvori svi od reda kažu da su braća napustila samostan, koji je bio oplijenjen». U novijoj knjizi o koprivničkim franjevcima smatra da ako se podatak o 1549. ne odnosi na franjevačku crkvu «onda se Franjevci u Koprivnici nalaze sve do požara 1559. godine.» No, podatak o 1559. nikako ne bi mogli prihvatiti jer je, kako je sam Paškal Cvekan utvrdio, uzrok napuštanja samostana bila pljenidba, a ne požar. Leander Brozović je mišljenja da su franjevci napustili svoj koprivnički samostan nakon «pada Virovitice u turske ruke g. 1552. (…) iz straha od Turaka.» Ivy Lentić-Kugli radeći kronologiju i građu za povijest sakralnih objekata u Koprivnici prihvaća razmišljanja
Paškala Cvekana i franjevačko napuštanje Koprivnice stavlja oko 1561. godine, s čime se slaže Dragutin Feletar koji piše «franjevci su u Koprivnici kontinuirano djelovali kroz cijeli kasni srednji vijek, ili točnije od 1290. (1292) do 1561. godine.
Moguće je da su franjevci napustili koprivnički samostan sklanjajući se pred osmanskom opasnošću najvjerojatnije još prije 1549. godine jer se tada u izvještaju kraljeve komisije spominje napuštena crkva. Naravno ovaj podatak je moguće uzeti u razmatranje samo ako bi mogli utvrditi da je spomenuta crkva bila franjevačka, na što su u svojim istraživanjima ukazali Paškal Cvekan i Ranko Pavleš. Kralj Maksimilijan II. je 18. rujna 1561. pisao iz Beča vrhovnom kapetanu Hrvatske i Slavonske krajine Ivanu Lenkoviću te mu zapovjedio neka drugim franjevačkim samostanima po Slavoniji preda one posjede koji su pripadali napuštenom samostanu u Koprivnici.