Koprivnički građani su 9. rujna 1636. godine pisali zagrebačkom biskupu Franji Ergelskom spominju kada je koprivnički katolički župnik održavao obrede, da su protestanti dolazili pred crkvu «s bubnji i piščali». «Prodecatori Lutheranski» zauzeli su u Koprivnici bivšu franjevačku crkvu «recheni kloster… obdersaliszu bili i dugo ureme szuoia exercitia u nutre i czirkue imeli, kem Lutheranom czirue neszu fratri odteli, nego nas uezdasni plebanus nihove bubnie i piscsali poterusi i nie missalom nun gonecsi, od ke dob unuter vecs neszu szmeli neszmeiu do dan danasni». Protestante je otjerao katolički župnik s misalom u ruci. To je bio Matija Sumer, koji je koprivničkom župom upravljao od 1630. do 1645. godine. Franjo Bučar smatra da su koprivničku crkvu «protestanti prije svog odlaska razorili» pa bi u tome trebali tražiti dio uzroka za gradnju nove koprivničke crkve.
Zapis zagrebačkog kanonika Andrije Vinkovića iz 1659., pokazuje ne baš idiličan odnos Koprivničanaca prema katoličkom župniku. Prema kanoniku narod u Koprivnici je bio «tako surov, lijen (nemaran) i nasilan, da neprekidno nastoji župnika lišiti njegovih dohodaka. Ako župnik ozbiljno traži svoje, narod je pripravan da ga bez obzira napadne pogrdnim riječima.»
Vjerski sukobi u Koprivnici nisu bili samo stvar njemačkih vojnika. U njima su sudjelovali i građani. U gradu je, kako sam ranije spomenuo, još 1659. godine postojao dio groblja za sahranjivanje protestanata. U kanonskom izvješću se kod kapele Sv. Lucije spominje «čestica zemlje gdje je od starine bilo pokapanje heretika.» To bi moglo upućivati na zaključak da je 1659. još uvijek postojala protestantska nazočnost u gradu.
Leander Brozović piše «otpor građana protiv protestanata s vremenom je bivao sve jači, a pristaše protureformacije su zatražili da se njemačke protestantske knjige unište.» Franjo Bučar smatra da je nakon sredine 17. stoljeća «nestalo sasvim protestanata u Koprivnici, samo se je koji put sporadično nalazila tamo koja protestantska obitelj.»
Institucionalno učvršćenje katoličke crkve u Koprivnici u drugoj polovici 17. stoljeća pokazuje gradnja nove župna crkve Sv. Nikole izgrađena između 1645. i 1657. godine na mjestu stare franjevačke crkve Blažene Djevice Marije, koju su, prema pisanju Franje Bučara, srušili protestanti. Jedan od pokazatelja uspješne katoličke obnove je relativno brza izgradnja više kapela na koprivničkom prostoru tijekom 17. stoljeća.
K tomu valja pridodati povratak franjevaca sredinom 17. stoljeća koji su se sa koprivničkim župnicima bezuspješno pokušali boriti za dobivanje prostora nekadašnje crkve Blažene Djevice Marije. Nakon što je na toj lokaciji bila izgrađena nova župna crkva Sv. Nikole, franjevci su na drugoj lokaciji izgradili samostan i crkvu Sv. Antuna Padovanskog, dovršenu između 1675. i 1685. godine. U kontekstu katoličke obnove najvjerojatnije treba promatrati i kratkotrajni boravak pavlina i možda kapucina.