Franjevci su se u Koprivnicu naselili u razvijenom srednjem vijeku, a kako su se oni doseljavali uglavnom u razvijena gradske naselja to može biti pokazatelj razvijenosti Koprivnice. Do sada su se kao godine dolaska Franjevaca u Koprivnicu spominjale 1290. i 1292., no nemoguće je točno utvrditi godinu doseljenja. U Koprivnici je vjerojatno od osnivanja gradskog naselja postojala župna crkva Sv. Nikole.
Prva vijest o njoj posredno potječe iz druge polovice 13. stoljeća. Henrik, ban cijele Slavonije je posjed Jakušinec “koji je neki Drusseth predijalac u vrijeme našega oca blage uspomene na način predija držao” poklonio župnoj crkvi Sv. Nikole u Koprivnici “od nas utemeljenoj i sagrađenoj“.
Tu se radi o novoj župnoj crkvi Sv. Nikole izgrađenoj najvjerojatnije kao zamjena za nekadašnju (staru) župnu crkvu koja je pripala Franjevcima. U istoj nedatiranoj darovnici se spominje da je crkva odnosno samostan Manje braće Blažene Djevice nekoć bio župna crkva. Ovdje se očito radi o pretvaranju stare župne crkve (najvjerojatnije Sv. Nikole) u samostansku crkvu. Iako su, vjerojatno, neki podaci nepouzdani, mogu nam, makar približno poslužiti za otkrivanje vremena kada je župna crkva pretvorena u franjevački samostan. Henrik III. (II.) spomenut kao ban u ovoj darovnici je sin Henrika II. (I.) Gisingovca (1228-1274.) koji je od 1267. do 1270. i od 1273-1274. godine bio ban cijele Slavonije. Henrik III. (II.) je bio ban cijele Slavonije 1301. do 1308. godine, ali i ranije, npr. od 1290. godine.
Ova je darovnica mogla nastati u drugoj polovici 13. stoljeća, a to nam posredno može potvrditi podatak iz zapisa Jurja Ratkaja da su banovi Ivan i Henrik u gradu Koprivnici podignuli samostan braće Franjevaca. Dolazak franjevaca u Koprivnicu u drugoj polovici 13. stoljeća je razumljiv jer su franjevci (kao i dominikanci) općenito običavali osnivati svoje samostane u gradskim naseljima.
Nešto prije osnivanja koprivničkog samostana, osnovana je franjevačka Provincija Ugarskog kraljevstva koja je bila podijeljena na sedam kustodija. Koprivnički samostan je spadao pod Pečušku kustodiju zajedno sa Varaždinom, Segesdom i Pečuhom (kasnije su ovoj kustodiji osnovani samostani u Semenju, Ludbregu, Falkošu, Kaniži i Ormožu).
Važnost franjevaca je za Koprivnicu tim veća ako se zna da su oni jedini muški katolički red koji se uspio zadržati na koprivničkom tlu. O djelovanju franjevaca u srednjovjekovnoj Koprivnici je vrlo malo podataka koje je u svojoj knjizi o Koprivnici i franjevcima korektno predstavio Paškal Cvekan.