Najvjerojatnije se na području Koprivnice nalazilo starohrvatsko slavensko gradište iz kojeg je nastalo manje naselje. Na mađarskom prostoru su otkriveni obrasci koji se vjerojatno mogu primijeniti i na hrvatski prostor. Radi se o organizaciji malih naselja sa malim seoskim kućama četvrtastog karaktera. Kako na koprivničkom području nemamo vezu antičkih i kasnijih gradova moguće je da se Koprivnica razvila iz nama nedovoljno poznate organizacije seoskih naselja. Još uvijek nisu dovoljno poznate funkcije gradišta na prostoru današnje sjeverne Hrvatske, a vjerojatno je da je Koprivnica imala ishodište u starijem gradištu, no potvrdu o tome bi nam mogla dati jedino arheološka istraživanja današnje uže jezgre Koprivnice.
Koprivnica je svoj postanak te razvoj i jačanje regionalnih funkcija temeljila na gospodarski i politički atraktivnom prometnom položaju. U prirodno-geografskom pogledu Koprivnica se nalazi na najpogodnijoj lokaciji: to je otcjedita terasa na kontaktu tercijarnih pobrđa Bilogore s južne strane i močvarnih terena aluvijalne ravni Drave sa sjeverne strane.» Isti smatra da «u uvjetima srednjovjekovne ekonomije i prometa, Koprivnica obilato koristi prednosti svojeg položaja i razvija niz funkcija za širu okolicu (prvenstveno obrt, trgovinu, upravu), pa se u toku 13. i 14. stoljeća razvija u važno trgovište, a zatim u slobodni kraljevski grad.
Vjerojatno je uspon Koprivnice tijekom 14. stoljeća odraz jačanja trgovinskog prometa uzduž podravske magistrale pod utjecajem napredovanja grada Varaždina, pri čemu je Koprivnica imala prednost lokacije na transverzalnom odvojku prema jugu (preko Križevaca, na Zagreb).
Moguće je pretpostaviti da su jezgru kasnijeg gradskog naselja u Koprivnici najvjerojatnije činili: starosjedilačko naselje i naseobina kolonista (doseljenika, hospita). Rješenje za otkrivanje kolonizacijskog vala mora se potražiti izvan pisanih dokumenata. Trgovci su u svom prodoru prema europskom istoku i jugoistoku osnivali naselja kojima su prvotna središta bila župne crkve Sv. Nikole. Pri korištenju ovakve metode valja biti oprezan, jer sve crkve Sv. Nikole što ih susrećemo u najranijim izvorima nisu bile crkve trgovaca na daleko. Neke su mogle biti crkve lokalnog stanovništva ili samostanske crkve. Naravno, bilo je slučajeva promjene funkcija, pa je župna crkva mogla postati samostanskom. Upravo to nije rijedak slučaj kada je riječ o crkvama Sv. Nikole. Župna crkva Sv. Nikole postojala je i u srednjovjekovnoj Koprivnici. Prva vijest o njoj posredno potječe iz sredine ili druge polovice 13. stoljeća. Dakle otprilike između 1250-1280. godine.
Henrik, ban cijele Slavonije je posjed Jakušinec “koji je neki Drusseth predijalac u vrijeme našega oca blage uspomene na način predija držao” poklonio župnoj crkvi Sv. Nikole u Koprivnici “od nas utemeljenoj i sagrađenoj”. Tu se radi o novoj župnoj crkvi Sv. Nikole izgrađenoj najvjerojatnije kao zamjena za nekadašnju župnu crkvu koja je pripala Franjevcima. U istoj nedatiranoj darovnici se spominje da je crkva odnosno samostan Manje braće Blažene Djevice nekoć bio župna crkva. Ovdje se očito radi o pretvaranju župne crkve (najvjerojatnije Sv. Nikole) u samostansku crkvu. Iako su, vjerojatno, neki podaci nepouzdani, mogu nam, makar približno poslužiti za otkrivanje vremena kada je župna crkva pretvorena u franjevački samostan.
Ova je darovnica mogla nastati u drugoj polovici 13. stoljeća, a to nam posredno može potvrditi podatak iz zapisa poznatog povjesničara iz 17. stoljeća, Jurja Ratkaja, da su banovi Ivan i Henrik u gradu Koprivnici podignuli samostan braće Franjevaca.
Postoji sačuvan prijepis darovnice kralja Ludovika I. Anžuvinca od 8. studenog 1356. godine. Kralj je koprivničkom župniku Sv. Nikole izdao povelju, za koju Čazmanski kaptol tvrdi (kod prepisivanja) da je napisana na pergameni i opečaćena kraljevskim pečatom i da su je u Kaptolu do riječi prepisali. Vladar je poništio darovnicu kojom su nekoć banovi kraljevstva u Slavoniji poklonili župnoj crkvi Sv. Nikole u Koprivnici posjed Jakušinec, što bez kraljevog dopuštenja nisu mogli darovati. Kralj je taj posjed svojom voljom ponovo darovao koprivničkoj župnoj crkvi. Franjevci su prema tome u Koprivnicu došli u drugoj polovici 13. stoljeća. Franjevci su (kao i dominikanci) općenito običavali osnivati svoje samostane u gradskim naseljima. Ove podaci pokazuju da je kolonizacijski val kojim je nastala Koprivnica najvjerojatnije završio do druge polovice 13. stoljeća.
Iako se do sada smatralo da se grad Koprivnica spominje od 1308. godine, a koprivnička utvrda koju većina positovjećuje s Kamengradom od 1272. godine, ovaj je tekst pokazatelj da je grad Koprivnica stariji nego što se to do sada pisalo u literaturi.