Koprivnička župna crkva Sv. Nikole biskupa napravljena je na temeljima srednjovjekovne crkve koja je proširena sredinom 17. stoljeća da bi oko 1661. godine dobila nova zvona, koja su prije toga godinama visjela na drvenim stupovima blizu crkve. Godine 1671. spominju se četiri oltara u koprivničkoj župnoj crkvi. Broj oltara je do 1680. godine povećan na pet: Sv. Nikole, Sv. Križa, Sv. Mihaela, Sv. Florijana i čudotvorne Blažene Djevice Marije. Iza sjedala kod glavnog oltara Sv. Nikole nalazila se na južnoj strani krstionica. Ispovjedaonica je bila na zapadnoj strani pod zidanim korom (postojala su još četiri drvena kora). Drvena propovjedaonica je bila kraj vratiju koja su iz crkve vodila u sakristiju. U tornju su bila tri zvona i sat. U crkvu su vodila troja vrata (dvoja s južne, a treća sa sjeverne strane).
Od inventara je crkva imala tri srebrna i posvećena kaleža s isto takvim pliticama. Dosta je velika bila srebrna i pozlaćena posuda iz koje se dijelila presveta pričest. Crkva je imala jedan srebrni i pozlačeni kalež koji je težio oko 50 lota, a uz to i relikvije raznih svetaca. Za svagdašnju uporabu imala je tri para kositrenih svjetiljaka, a također dvije srebrne i djelomično pozlaćens svjetiljke, jedan novi kalež (nepozlaćen) te još jedan kalež koji je bio u izradi. Ispostavilo se da je veliki srebrni i bogato pozlaćeni kalež vlasništvo koprivničke crkve. Za njega se prije govorilo da pripada župnoj crkvi Sv. Ivana u Ivancu. Crkva je imala dva ciborija, od kojih je jedan bio srebrn i pozlaćen, a drugi bakren i pozlaćen. Također je imala srebrnu i pozlaćenu pokaznicu s dva tornjića i s križićem među njima. Pred svetohraništem je svjetlila svjetiljka. Nad oltarima se nalazilo 14 svijećnjaka (12 bakrenih, 2 kostrena). Još je crkva imala zvončić i svjetiljku koja je služila svećeniku kada je bolesniku nosio presvetu pričest. Župna crkva je posjedovala mnogo crkvenih odijela i rubenine – između ostaloga, trinaest raznobojnih i većinom svilenih misnica.
Do kraja 17., a isto tako tijekom prve polovice 18. stoljeća nije bilo nikakvih važnijih promjene vezanih uz crkvu Sv. Nikole. Godine 1768. prigodom kanonske vizitacije, kanonik Matija Petrović je kao komarnički arhiđakon izjavio da bi grad Koprivnica trebao imati dostojniju crkvu od tadašnje župne crkve Sv. Nikole, a smatrao je da bi trebalo podignuti nove oltare i umjesto drvenog stropa izgraditi zidani svod. Zagrebački biskup Tausi je djelovao prema Petrovićevom izvještaju na Gradski magistrat da se sagradi nova crkva. No nije se doduše pristupilo izgradnji nove crkve već se prišlo znatnim pregradnjama povjerenim talijanskim graditeljima, koji su prema podacima iz 1778. godine nad svetištem ostavili zidani svod, dok je strop u lađi dobio krasnu štukaturu. Pod u crkvi je potaracan rezanim kamenom. Crkva je imala visok toranj sa 6 zvona i urom. Kanonska vizitacija iz 1787. godine izvješćuje da crkva još nema zidanog svoda. Nova je bila propovjedaonica, a u crkvi su bile 3 ispovjedaonice i 3 grobnice. Sakrstija se nalazila kod svetišta. Po zapovjedi Josipa II., morali su se mrtvaci u grobnici zazidati, a grobnice su morale imati limena vrata. U sakrstiji je bio elegantan dvokrilni ormar za crkveno posuđe. Toranj je imao 6 zvona i uru, ali je kupola bila oštećena te je prokišnjavala.
Prije 1804. godine je izvršena obnova kupole. Višegodišnjom brigom zagrebačkog biskupa Alagovića podignut je novi veliki oltar Sv. Nikole dovršen 1840. godine, a postavljene su i nove velike orgulje za župnikovanja Adama Žuvića. Godine 1841. munja je udarila u toranj, a oštetila je uru i pozlaćene okvire na slikama Sv. Nikole i Sv. Ane. Župna crkva Sv. Nikole sredinom 19. stoljeća znatno je gubila na svojoj nekadašnjoj skladnosti, a Gradski magistrat je zapustio obnavljanje i popravljanje crkve, te je kroz duže vrijeme bio oštećen crkveni krov, zbog čega je stradao strop.