Slovenija je primljena u članstvo Europske unije 2004. godine i od tada ima na raspolaganju financijska sredstva iz strukturnih fondova. Povlačenje sredstava iz europskih fondova nije bio lagan zadatak za Sloveniju, koja u prve dvije godine članstva nije ostvarila dobre rezultate na tom području i još se ne smatra uspješnom, premda je na prvom ili drugom mjestu među novim zemljama članicama EU-a i među prvih deset među starim članicama. Za uspješno povlačenje sredstava iz strukturnih fondova važno je strateško, dugoročno planiranje razvoja, uključenost političkog vrha zemlje u taj proces od samog početka i dobra koordinacija posla između različitih ministarstava.
U Sloveniji je iz strukturnih fondova financirano i nekoliko projekata iz područja zaštite okoliša koji su povezani sa energetikom. Jedan takav je „Izgradnja regionalnog centra za gospodarenje otpadom“. Financirana je izgradnja mehaničko-biološkog sustava za obradu komunalnog otpada, s ukupnim kapacitetom obrade 61 tisuće tona otpada godišnje, te izgradnja sustava termalne obrade komunalnog otpada s kapacitetom obrade 25 tisuća tona godišnje (od čega 20 tisuća tona biološkog otpada i 5 tisuća tona dehidriranog mulja). Kao rezultat projekta smanjena je razina metana i razina emisije štetnih plinova te količina mulja i nerazgradivih depozita na odlagalištima. Projekt je također generirao opskrbu toplinskom energijom čime je smanjeno oslanjanje na neobnovljive izvore energije i fosilna goriva. Kroz fond je za ovaj projekt alocirano ukupno 20,33 milijuna eura.
Drugi projekt iz ovog područja koji su financirali iz sredstava strukturnih fondova je „Analiza kvalitete voda u Sloveniji“. Kroz ovaj projekt u Sloveniji su izgrađene nove, te obnovljene postojeće stanice za praćenje kvalitete i kvantitete podzemnih i površinskih voda. Izgradili su i laboratorij za kemijsku i biološku analizu vode i kalibracije, te su kupili prostor za usluge pomorske meteorologije i oceanografije. Kako bi cijeli projekt uspješno funkcionirao nabavljena je potrebna oprema za laboratorije, računalni centar i vozila. Na kraju je razvijen i instaliran software za predviđanje dinamike mora, nadzor suša, praćenje podzemnih voda u aluvijalnim područjima, te je razvijen prognostički sustav poplava za sliv rijeke Soče. Rezultati ovog projekta su bolja zaštita od poplava, sigurnija opskrba pitkom vodom, bolje poslovne mogućnosti razvoja i održivo korištenje vodnih resursa. Ekonomska korist projekta je stvaranje 44 novih radnih mjesta tijekom početne faze razvoja, te dodatnih 6 radnih mjesta kroz duži rok. U projekt je iz strukturnih fondova alocirano oko 27,80 milijuna eura.
Prema mišljenju slovenskih stručnjaka, jedan od važnijih problema s kojim su se u početku susreli bio je apsorpcija sredstava, a nastao je zbog povećanja financijske omotnice prilikom prelaska iz pretpristupnih programa na strukturne fondove. Postavilo se pitanje hoće li naši susjedi moći iskoristiti novac koji im je na raspolaganju i hoće li to napraviti pravilno. Kao drugi važan problem istaknuli su nedostatak političke potpore i fundamentalnog razumijevanja važnosti strukturnih fondova među svim političkim opcijama, što postoji i danas, sedam godina nakon što su počeli koristiti strukturne fondove. Kao važnu preporuku za korištenje sredstava, Slovenci ističu poboljšanje dijaloga s krajnjim korisnicima iz poslovnog i drugih sektora kako bi se utvrdile njihove stvarne potrebe i njima prilagodili prioriteti financiranja, kao i usuglasile procedure prije trenutka ulaska u članstvo. Time bi se poboljšala percepcija javnosti o tomu je li postojeća administracija uspješna u korištenju strukturnih fondova, što je u Sloveniji i danas problem, unatoč činjenici da su jedna od najuspješnijih europskih država kada je u pitanju korištenje strukturnih fondova.
Hrvatska se aktivno priprema za korištenje strukturnih fondova primjenom iskustva drugih država, prilagodbom nacionalnih strateških dokumenata i operativnih programa te utvrđivanjem liste projekata koji su spremni za provedbu. Pozitivna činjenica je da će Hrvatska programski i operativno nastojati iskoristiti postojeće upravljačke mehanizme, ali će se, zbog kratkih rokova u prvoj fazi korištenja fondova, koncentrirati na maksimalnu apsorpciju, a naknadno i na same rezultate.