Iako je bila jedno od glavnih vojnokrajiških vojnih uporišta, Koprivnica u 16. i 17. stoljeću nije potpadala pod jurisdikciju Slavonske vojne krajine odnosno Varaždinskog generalata.
Formalno pripajanje nije bilo moguće već zbog povlastice koje je Koprivnica imala kao slobodni i kraljevski grad. No, četvrt utvrde je ipak pripala pod nadležnost Slavonske vojne krajine, kasnijeg Varaždinskog generalata, čije je sjedište bilo u Koprivnici krajem 16. stoljeća. Time su razvojne mogućnosti Koprivnice bile prilično ograničene, a njezin povlašteni položaj stalno su u pitanje dovodili kapetani koji su u njoj bili nastanjeni.
Često su u Koprivnici mjesecima bile smještene veće vojne postrojbe. Kapetani su, kako smo već govorili, narušavali koprivnička autonomna prava odlučivanja građana, koja su postojala na papiru, zamjenjujući izabrane gradske suce sucima po vlastitom izboru, stavljali su izvan snage prava lova i ribolova u okolici grada ili su rekvirirali teritorije, koji su pripadali gradu, u vojne svrhe.
Vladari i nadvojvode neprekidno su izdavali naloge kapetanima da se ne miješaju u jurisdikciju gradske općine. Ali oni se tih naloga u pravilu nisu pridržavali. Nadvojvoda (kasniji kralj) Matija je npr. 1595. godine zapovjedio da sve zemlje koje vojska drži na području grada moraju podvrći judisdikciji gradske općine i da se časnici ne smiju miješati u civilnu jurisdikciju. Časnici te naloge nisu izvršili. Posjedi u rukama vojnih osoba i dalje su bili izdvojeni. Kralj Rudolf je 1603. morao ponovno naložiti da se podvrgnu javnim teretima koje snose građani. Kralj Matija II. naredio je 1618. da se provede zaključak Ugarskog sabora o restituciji koprivničkih posjeda pod vlast Hrvatskog sabora, ali ti je zapovjed, čini se, još iste godine opozvana. Građani su se i dalje tužili na nasilja vojnih vlasti. Na zasjedanju Hrvatskog sabora 6. listopada 1634. godine optužili su kapetana Fridrika Mansperga da se upliće u jurisdikciju grada, da ometa gradsko vinotočje i otima građanima posjede. Hrvatski sabor je tu tužbu podržao.
Odnose između grada Koprivnice i koprivničkog kapetana regulirala je 1635. posebna kraljevska komisija u kojoj su sudjelovali predstavnici hrvatskih staleža i kraljevskih vojnih vlasti. Komisija je utvrdila da vojne vlasti gotovo svakodnevno nanose različite štete građanima i njihovoj općini. Kapetan je građanima oteo 166 jutara oranica i više vinograda. prisiljavao ih je da kao vojnici sudjeluju u pohodima protiv Turaka, primaju na konačenje vojsku, itd. Komisija je odredila da se građani ne smiju ometati u izboru sudaca i prisežnika. Sve vojne osobe trebali su ubuduće u pitanju svojih posjeda u gradu biti podložne gradskim vlastima, koje su tim posjedima mogle nametati daće jednako kao i posjedima građana. Kapetan je i dalje mogao uhititi građanina, ali ga je odmah morao predati civilnim vlastima. Komisija je vojnim vlastima zabranila da procjenjuju i određuju cijenu robi koja se prodaje u gradu. Sudac se, međutim, morao s kapetanom dogovoriti o visini tržišnih pristojbi za vino, žitarice i meso. Pravo ribolova u gradskim grabama komisija je ostavila kapetanu. Građanima je dodijeljeno pravo lova divljači. Određeno je da kapetan vrati građanima sve oduzete zemlje.