Katolička crkva je početkom 17. stoljeća, u skladu sa svojim mogućnostima, organizirala protureformacijsku djelatnost u Koprivnici. Tu su djelatnost na ovom prostoru počeli provoditi franjevci. Oko 1603. ili 1604. provincijal franjevačke provincije sv. Marije, Franjo Drašković je u Koprivnicu poslao franjevca Pavla Pribojevića podrijetlom iz Hvara. Pribojevićev zadatak je bio obnoviti katoličko bogoslužje u Koprivnici te istovremeno preuzeti upravu nad koprivničkom župom.
Biskup Šimun Bratulić se 23. srpnja 1604. godine tužio nadvojvodi Ferdinandu da novi protestantski propovjednik ometa katoličkog župnika te ga je molio, da odstrani iz Koprivnice protestantskog propovjednika, koji je u tamošnjoj župnoj crkvi širio «nauk Luterov» pod okriljem vojnog zapovjednika. Biskupova tužba je urodila plodom. Prema Franji Bučaru: «iste godine piše i Georgius Stobaeus locumtenens nadvojvode nadvojvode Ferdinanda iz Graza zagrebačkom biskupu Šimunu Bratuliću kako je protjeran protestantski propovjednik iz Koprivnice. Te je, 1604. godine koprivnički zapovjednik Alban Grasswein je razriješen ove dužnosti.
Zanimljivo je kako se u završnim godinama tzv. dugog rata (1593.-1606.) u Koprivnici provodila katolička obnova. Uz pomoć franjevaca je oko 1603. ili 1604. bio obnovljen pastoralni rad u koprivničkoj župi, a 1604. je sa zapovjedničke dužnosti otišao Alban Grasswein, zapovjednik koji je izgleda otvoreno pomagao djelatnost protestantskog propovjednika. Ako oba podatka stavimo u kontekst katoličke obnove, koja se provodila u zajedništvu s vojnim vlastima, onda je jasna njihova povezanost. K tome valja dodati i prije spomenutu odluku Hrvatsko-slavonskog sabora kojom je katolička vjera iste 1604. godine proglašena kao jedina dozvoljena u Hrvatsko-slavonskom kraljevstvu.
Franjevci nisu dugo upravljali koprivničkom župom jer se već 1612. spominje novi koprivnički župnik Matija Šantić. Nakon Šantića nitko od idućih koprivničkih župnika se nije mogao duže održati na župi, prvenstveno zbog sukoba sa vojnim zapovjednicima. U Koprivnicu su bezuspješno bili slani kvalitetni svećenici poput Matije Bundića ili Andrije Biankinija koji su kasnije postali kanonici. Koprivnički građani su se žalili zagrebačkom biskupu Franji Ergeljskom (1628.-1637.) «da u njihovom gradu već dugo nema ni jednoga Franjevca, da već dugo nemaju svoga katoličkog župnika, kojega da je vrlo teško dobiti, makar da su ga već više puta molili. Luterani da su okupirali tamošnji samostan i župnu crkvu…» Katolička obnova se u Koprivnici mogla uspješno provoditi tek nakon što je 1630. koprivnički župnik uvršten na platni spisak kao vojni kapelan. Značajno je spomenuti da je iste godine dužnost župnika preuzeo Matija Sumer.
Vladar Ferdinand II. je ljeti 1628. objavio «naredbu da se plemići Unutarnje Austrije moraju odreći protestantske vjere…» Kako su unutarnjoaustrijski ili točnije rečeno štajerski staleži, preko mjesta koprivničkog zapovjednika, imali ključni utjecaj na Koprivnicu, oni su sve do 1628. mogli direktno davati podršku protestantizmu u Koprivnici. Slomom reformacije u Štajerskoj nakon 1628. onemogućena je i posljednja potpora protestantizmu u Koprivnici i otvoren put potpunoj katoličkoj dominaciji u gradu.
U tom kontekstu početke jačanja položaja katoličke crkve u Koprivnici možemo jasno pratiti od trećeg desetljeća 17. stoljeća, kada su se odvijali posljednji vjerski sukobi u gradu. U tim sukobima protestanti već u startu nisu imali nikakve šanse za pobjednički ishod. Bilo je samo pitanje vremena kada će katolička crkva potpuno potisnuti i posljednje protestantske tragove u Koprivnici.